ダウンロードフォーマットは2種類あります。

すべてダウンロード(新)
課題名称フォルダの直下に提出物等のファイルが格納された状態でダウンロードできます。

すべてダウンロード(旧)
従来通りの形式（受講者ごとのフォルダが生成される）でダウンロードできます。

どちらのフォーマットでも、アップロードは「すべてアップロード」からご利用可能です。詳細は以下の記事の添付ファイルをご確認ください。

• 課題ツールのダウンロードフォーマット追加について